每种药物都有一定的化学成分及其一定的分子结构，具有一定的理化性质，作用于人体之后，会对机体的组织结构和功能产生影响。如果药物的影响与致病因素所引起的影响针锋相对，就可以减弱或消除致病因素的影响，使疾病向好的方面转化，产生疗效。
药物在人体内发挥治疗作用的途径和机制是繁多而复杂的，如补充体内需要而缺乏的物质，改变体内物质新陈代谢的过程及其速度，增加或减少体内某种物质的产生或排泄，增强或抑制某种器官、组织或细胞的功能，驱除或消灭致病生物，对抗炎症、组织的变性或坏死，增加或减少某种细胞，调节机体的免疫状态等。
有的药物具有一种作用，有的药物则具有几种作用，还有几种或许多药物共同具有某一种作用。如果药物对机体的影响与致病因素引起的影响相一致，则可加重疾病。若药物作用对身体的影响与原有疾病不相关，则药物的作用会成为新的致病因素而引起机体新的疾病。
当我们运用某种药物治疗疾病时，可能只用一种或几种作用，而其他作用所产生的影响就与疾病无关，从而引起不利的影响。如当胃肠痉挛而出现剧烈绞痛时，用阿托品可有解痉作用而取得良好的止痛效果，但是阿托品又可引起心跳加快，而出现心慌、颜面潮红，使唾液分泌减少而口干舌燥，还会使膀胱平滑肌收缩无力而排尿困难;如果用量过多，也可引起肠蠕动过慢而出现便秘，甚至不完全性肠梗阻。如此等等，治疗疾病的目的只有一个，而引发出来的麻烦却是一大堆。这真是为捉一只耗子而搬动了满屋子的家具，为摘一个桃子却牵得整棵树摇晃。
世界上的事情就是这般复杂而多变，这大概就是&濒诲辩耻辞;一切事情都是一分为二的&谤诲辩耻辞;这条真理在起作用吧。用药治病，既能获得疗效，也将承受药物引起的不良后果。这就是药物的两重性，世界上只有疗效而无任何副作用的药物是难得找见的。药物的治疗作用和副作用是事物对立统一的两个方面，是不可分割的孪生兄弟，不可能单独存在，而在很多情况下是副作用比治疗作用还多，影响面还大。